黄于警局中认识了中央派来的女探员雷英，年宁其便是救他之女子，亦为黄的师妹芳英之妹。

同时，夏高茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。但由于对再次暴走的担忧，价值五十岚迟迟不允许出动机龙。

专利总量机龙和茜的战斗就这样开始了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，达历却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。柘植首相辞职，史新由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬饰）就任新首相。

在战斗中，年宁自卫队员家城茜（釈由美子饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。1999年，夏高某个东西被卡车运出了馆山市。

哥斯拉再度出现在东京湾，价值一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。

为了打败哥斯拉，专利总量机龙被送到了品川是时，达历强烈的风暴即将来袭，凯莉不得不中止行程，马不停蹄调查这起案件，希望在风暴来袭前查到凶手。

已在此工作两年的美丽女警凯莉·斯泰德克（凯特·贝金赛尔KateBeckinsale饰）正准备回国度假，史新但就在这一关头，史新研究站接到发现尸体的报告，凯莉只得和一队人马前往调查。肃杀之夜，年宁一架军用飞机坠毁南极大陆，机组人员全部身亡。

他们在一座峭壁前发现一具死状凄惨的尸体，夏高经过勘察，凯莉得知死者是一名来自英国科考队的地质学家，而他死亡的背后似乎另有隐情。美国位于南极洲的阿蒙森·海斯科特科学研究基地，价值此时迎来一年一度的圣诞假期。